Una imatge pot ésser formada de diverses capes. Podem imaginar-nos-les com una pila de fulls transparents. Allà on un full està pintat, no es pot veure el contingut de la capa inferior, però on no s'hi ha pintat res, es veu el contingut de les capes inferiors.

A l'esquerra, una capa inferior; al centre, una de superior (l'escaquer en dos tons de gris simbolitza la transparència), i a la dreta, el resultat final.
Treballar amb capes té molts avantatges. Podem retocar independentment cada una de les capes, podem desplaçar-les, fer-les més grans o més petites, deformar-les o prescindirne - sense perdre-les -, i en cada moment podem observar quin serà l'efecte final.
Si no s'indica res d'especial, una imatge acabada de crear conté una sola capa i aquesta és tota plena amb el color de fons vigent. No s'ha de confondre doncs la transparència amb el blanc!
En alguns casos, però, convé que la imatge que crearem tingui zones opaques i zones transparents (això ho permeten alguns formats, com ara el .gif). Són útils per a incloure-les en algun suport que admeti transparències:
En aquest cas, en crear la imatge, hem d'indicar expressament que l'única capa sigui transparent:
Fitxer > Nou > Opcions avançades > Omple amb > Transparent.
Creem les capes fent Capes > Nova capa. El programa ens demana que donem nom a la capa, que en determinem les mides (per defecte ens suggereix les de la capa ja existent) i com s'ha d'omplir (per defecte suggereix, és clar, que sigui transparent.
Durant el treball sobre una imatge, les capes poden ésser actives o inactives, i visibles o invisibles, segons que ens convingui.
Podem controlar el conjunt de les capes des de
Finestres > Diàlegs encastables > Capes
En l'exemple representat hi ha tres capes, anomenades fons, arbreda i primer terme. En aquests moments, fons és invisible (hem fet clic sobre l'ull) i la capa activa és arbreda (qualsevol canvi que fem afectarà aquesta capa i no les altres).
En principi, el contingut d'una capa és absolutament opac. Però aquesta situació es pot modificar.
Amb la palanca opacitat del quadre anterior podem modificar l'opacitat dels continguts de la capa activa.
Fet això, les parts buides de la capa permetran - sense variació - la visió total del contingut de les capes inferiors i les parts plenes presentaran una barreja de la capa superior i la inferior, com si la inferior es veiés a través d'un vidre pintat però transparent.